Vznik prvých školských zariadení v našom meste sa datuje už v roku 1568.
     Po Rakúsko-Uhorskom vyrovnaní v roku 1867 existovala v Tvrdošíne Rímsko-katolícka ľudová škola, r. 1872 dievčenský ústav s jednou vychovávateľkou. Chlapcov vyučovali dvaja učitelia osobitne.
     V tomto čase nastal pre učiteľov  väčší tlak vyučovať v maďarskom jazyku. Učitelia ako Anton Šperlág, Ignác Železňák  a iní národne uvedomelí učitelia však nechceli celkom prijať prvky maďarizácie v Tvrdošíne. Na škole v Tvrdošíne sa až do roku 1907 sa vyučovalo po slovensky.
     V 1919 sa zlúčili chlapčenské triedy s dievčenskými a pribrali sa žiaci židovského náboženstva z ich zrušenej školy.
     V septembri r. 1919 sa vytvorila štvortriedna rímsko-katolícka škola.
    Vyučovanie prebiehalo na viacerých miestach v Tvrdošíne - blízko fary, pri Synagóge, v urbárskej budove - budove dnešného mestského úradu.
     V roku 1942 bol položený základný kameň  pre meštiansku a cirkevnú školu.
     Do nedokončenej budovy sa v  r. 1944 nasťahovali nemecké vojská a zriadili tu poľnú nemocnicu.
     Po poštátnení školstva v septembri 1944 sa dovtedajšia Rímsko-katolícka škola premenovala na Štátnu ľudovú školu. Škola bola dokončená až po vojne. Vyučovanie sa začalo 18.12.1947.
     V r. 1948 bol v Československej republike prijatý zákon o základnej úprave jednotného školstva, čo prinieslo veľa zmien.
     Dňa 1.9.1992 bola otvorená - obnovená cirkevná škola, ktorá je pomenovaná po Štefanovi Šmálikovi, kňazovi, historikovi, čestnom občanovi mesta.
     Na slávnostnom otvorení školy a školského roku1992/1993 sa zúčastnili predstavitelia cirkvi - Spišský biskup ThDr. František Tondra, vdp. Marián Pánik, primátor mesta Ing. Ivan Šaško a ďalší. Pri tejto príležitosti bola odhalená busta Prof. Štefana Šmálika, autorom ktorej je umelec P. Šveral z Vajnor.
     Do školských lavíc zasadlo 647 žiakov z Tvrdošína, Medvedzia, Krásnej Hôrky a Štefanova. Na škole sa vytvoril nový kolektív učiteľov a zamestnancov. Riaditeľom školy sa stal Mgr. Ján Vrana, zástupcom riaditeľa školy pre 1. stupeň bola menovaná Mgr. Antónia Branická, pre 2. stupeň RNDr. Ján Cieker.           Novým javom na cirkevnej škole bolo svätenie cirkevných sviatkov, rozhlasové relácie na začiatku nového týždňa, v ktorých sa učitelia kresťansky vplývajú na žiakov. Na škole začal vychádzať školský časopis PRIATEĽ pod vedením Mgr. Vierky Loffayovej. Katechétka Beáta Kumorová  založila spevácky žiacky zbor Goretti, ktorý sa pravidelne zúčastňoval speváckych súťaží.
     3.9.1994 bola posvätená na škole kaplnka Nepoškvrneného počatia Panny Márie, kde sa jeden krát v týždni konajú sv. omše.
     Učitelia zdokonaľujú svoje duchovné hodnoty účasťou na duchovných cvičeniach
     Učitelia cirkevných škôl, a teda aj našej oslavujú ďeň učiteľov 31.januára, keď si pripomínajú pedagogické pôsobenie Don Bosca.